O objetivo deste trabalho é identificar e compreender as dificuldades teóricas e conceituais que os alunos apresentam na aprendizagem da Metodologia de pesquisa. O desenho metodológico é qualitativo, orientado por uma lógica indutiva. Os participantes foram alunos que cursavam Metodologia de Pesquisa, na Universidade Nacional de San Luis, Argentina. As técnicas de coleta de informação foram entrevistas, observação participante e instâncias coletivas. Usou-se o método comparativo constante para a análise da informação. Encontrou-se que a fragilidade do conhecimento é uma das dificuldades para abordar os novos conteúdos.