O propósito deste artigo é salientar a importância de desenvolver pesquisas que, indo além de somente descrever as diferentes práticas e conhecimentos das comunidades indígenas, também revele as iniquidades e injustiças sociais que eles vivem. A argumentação baseia-se em três momentos investigativos: um estudo qualitativo realizado durante 1992 e 1993 com indígenas colombianos em diferentes regiões do país; uma investigação documental sobre pesquisas sobre saúde feitas na Colômbia de 1935 a 1996, com populações indígenas e afro-colombianas, e uma revisão da pesquisa recente sobre a saúde dos indígenas colombianos. Na primeira parte do artigo é apresentada uma revisão dos conceitos de justiça social e equidade no contexto da Declaração de Alma Ata e do entorno dos determinantes sociais da saúde. Posteriormente é analisada a situação dos indígenas na Colômbia na pesquisa feita sobre a saúde dos povos indígenas na Colômbia e em cinco problemas críticos na relação entre saúde indígena e equidade: a terra: propriedade, violência e migração forçada; recursos e meio ambiente: pobreza e posses; poder: autodeterminação, abuso e dependência; identidade: discriminação e reconhecimento; situação de saúde: tradição e modernidade. Minha intenção ao analisar o caso colombiano é dar elementos para a compreensão dos problemas de saúde das populações indígenas em outros contextos. Conclui-se com algumas recomendações sobre ações globais e locais em saúde indígena.